Внутренняя организация обусловлена функциональным назначением, различными блоками лабораторных отделов: молекулярной визуализации; молекулярной и клинической фармакологии; молекулярных механизмов резистентности и патогенности микроорганизмов; геномики, постгеномики и протеомики; молекулярных основ биотрансформаций; стратегических биомедицинских технологий; лаборатория молекулярно-клеточной оценки фармакодинамических эффектов; стратегических биомедицинских технологий; виварий.